Istnieje kilka przyczyn, które mogą powodować przedwczesny wytrysk. Jako naturalny powód uznaje się długotrwały brak aktywności seksualnej. Po powrocie do współżycia bardzo możliwe są zaburzenia wytrysku, jednak jeśli ten stan nie jest długotrwały i po czasie zanika, wówczas nie uznaje się go za zaburzenie funkcji seksualnych. Jeśli jednak pojawia się za każdym razem, gdy mężczyzna podejmuje współżycie, to traktuje się je jako dysfunkcja seksualna.
Schorzenie to może mieć charakter pierwotny – gdy towarzyszy mężczyźnie już od inicjacji seksualnej, może też być wtórne, czyli nabyte.
Jedną z grup przyczyn przedwczesnego wytrysku stanowią niewłaściwe nawyki, czyli głęboko zakodowane odruchy, które wynikają z przeszłych doświadczeń seksualnych. Powodem kłopotów z wytryskiem może być zatem brak trwałych związków, negatywne odczucia związane z inicjacją seksualną czy częsta masturbacja, która powoduje powstawanie odruchu szybkiego rozładowania napięcia seksualnego.
Zbyt wczesny wytrysk może być również spowodowany nieprawidłowymi relacjami z partnerką seksualną. Jest to np. chorobliwy lęk przed ciążą, częste stosunki przerywane lub udawanie przez partnerkę orgazmu, które prowadzi do odruchu szybszego zakańczania stosunku. Inne przyczyny z tej grupy to negatywne uczucia do partnerki, niechęć do niej albo przeciwnie – zbyt wysokie podniecenie seksualne, spowodowane np. jej atrakcyjnością. Przedwczesny wytrysk może być powodowany przez lęk zadaniowy, czyli zadaniowe podejście do seksu. Polega ono na nastawieniu przede wszystkim na spełnianie oczekiwań partnerki seksualnej.
Czasami przedwczesny wytrysk wynika z innych schorzeń ogólnych. Na dolegliwość tę cierpią mężczyźni chorujący na cukrzycę, nerwicę, infekcje, zapalenie cewki moczowej czy gruczołu krokowego, a także nieprawidłowy metabolizm neuroprzekaźników, zaburzenia neurologiczne, nadwrażliwość żołędzi i słabe napięcie mięśni zwieraczy cewki moczowej.
Czasami przedwczesny wytrysk wynika z nieświadomości – jeżeli mężczyzna tak naprawdę nie wie, ile przeciętnie powinien trwać stosunek. Do schorzenia przyczynia się także stres, który nie pozwala skupić się na seksie.